1、综合办公室：主要职责是负责系统内的党建工作和精神文明建设工作;抓好系统纪检监察、党风廉政建设;负责全市水务系统职工思想政治工作和教育培训、计划生育等工作;指导全市水务系统劳动保护和安全生产工作;负责对各科室工作进行综合协调，承办文秘档案、政务信息、来信来访、提案督办和后勤保障服务等工作;负责机关内部规章制度建设、水法宣传、政策研究及水务资料编纂等工作。

2、人事科：主要职责是负责水务系统机构编制、干部管理和劳动工资、职称管理;负责干部人事教育、培训工作;负责专业技术职称、工人技术等级评定及年度考核有关工作;负责劳动工资政策、制度及奖惩福利等工作;负责企业改制和信访工作。

3、水土保持生态环境建设局：主要职责是贯彻执行国家有关水土保持生态环境建设方面的法律、法规、和方针政策，负责起草实施本市水土保持生态环境建设方面的规范性文件、公告和报告;负责编制全市的水土保持生态环境建设规划、小流域综合治理规划并组织实施;负责建设项目中的水土保持方案的审批和发证工作，监督开发项目建设中水土保持制度落实情况;组织开展水土保持法律、法规的宣传，依法对可能造成水土流失的单位和个人进行监督;负责水土保持专项资金、物资的管理和使用;依法征收水土保持设施补偿费、水土流失防治费。

4、财务审计科：主要职责是负责全市水利行业财务、会计管理;负责对局属各单位财务工作进行业务指导，检查盈亏情况，进行监察审计;负责对水利专项资金的使用进行检查、监督和审计;负责水利专项资金计划的编制与分配下达，基建资金的筹划、拨付与监督管理;对水利系统的国有固定资产进行监督管理;依照有关规定组织制定行政收费制度与管理工作。

5、防汛抗旱办公室：主要职责是负责组织全市防汛抗旱工作，负责防汛抗旱指挥部的日常工作;按照市防汛抗旱指挥部的指示，统一调控和调度全市水利设施的水量;制定抗洪防洪抢险和抗旱预案，编制主要河道、水库的防汛调度计划;协调解决跨乡镇的防洪排水矛盾;传达指令、沟通信息、协调防汛抗旱中的有关事宜;对河道和水利工程的防洪安全进行行业管理，对水库大坝安全实施监督管理;掌握全市雨情、旱情、落实防汛抗旱措施。

6、水电建设管理站：主要职责是负责全市水电工程管理，负责全市水电农村电气化建设与管理、黎河梯级电站开发建设、小型水利发电站管理、水能资源开发及上级水电管理部门赋予的职能。

7、农田水利管理站：主要职责是主管全市农村水利、机井、灌区、乡镇供水、农村氟病改水、人蓄饮水工作;组织指导全市农田水利基本建设和农村水社会化服务体系建设;指导农业节水工作;组织制定全市农建、人蓄饮水发展规划、年度计划;审批万亩以上灌区配套工程计划和编制用水计划;负责工农业生产及城市生活用水的调度工作;指导农田水利工程管理制度的改革。

8、移民迁建办公室：主要职责是负责贯彻落实党和政府有关银民迁建工作的方针政策;组织协调水库移民的搬迁安置，协助地方做好移民的生产生活扶持规划，并组织实施;负责有关移民基建项目。生产项目的编制、立项、申报、监督或审批及项目实施的检查验收;负责处理水库移民的稳定工作;负责移民统计和信息反馈工作。

9、工程建设管理站：主要职责是负责全市主要河道、水库、挖淀、行滞洪区和岸线等水利工程的建设与管理;负责水利工程安全管理;负责水库大坝安全监督;负责主要行洪河道和洼淀、水域、滩涂的综合治理与开发;编制工程岁修和更新改造计划及项目审批、工程竣工验收;对河道等水利工程管理法规的执行情况实施监督;负责全市水利工程建设的行业管理、工程监理及质量监督;组织具有控制性跨乡镇的重点水利工程项目建设或验收;指导全市水库、河道、洼淀、渔业和水务旅游业工作。

10、档案室：主要职责是负责系统内部档案管理工作。

11、城区供水管理公司：主要职责是制定城区供水计划;协调水库与企业、用水户之间的供水关系;巡视、看护、维修供水工程;收取水费。

12、水务综合执法大队：主要职责是宣传贯彻各项水利法律法规;依法保护水、水域、水工程和其他有关设施，维护正常的水事秩序;负责对违反水法规的行为作出行政裁定、行政处罚或采取其他行政措施;配合司法机关查处水事治安、刑事案件;负责对全市水资源费、河道采砂费、水土保持补偿费、河道修建维护费征收管理工作;负责对全市河道、水库等水域及其岸线的综合治理工作，加大对尾矿砂和采矿弃料排入水库、河道和河道乱采乱挖，废料随意堆放等行为的处罚力度。

13、水务审批科：主要职责是宣传贯彻各项水利法律法规;依法保护水、水域、水工程和其他有关设施，维护正常的水事秩序。

14、水资源监察管理办公室：主要职责是负责主管全市水行政执法和水政监察工作，协调乡镇之间和部门之间的水事纠纷;对违反水法规定的行为做出行政处罚决定或采取其他行政处置措施;配合公安司法机关查处水事治安和刑事案件;负责水法律、法规的普及宣传、培训教育工作;承担水资源的统一规划、管理和保护工作;制定全市水中长期供求计划、供水水源规划和水资源保护规划及水量分配方案，并组织实施;审批用水计划，负责全市用水统计、节水用水及节水技术改造方案的审定与实施;实施水资源费、河道采砂费、水土保持补偿费、河道修建维护费征收管理工作。

15、抗旱服务站：负责全市抗旱物资采购供应及技术服务工作。